CGH芯片服务

简介

作为疾病的一项生物标志，染色体水平的缺失、扩增等变化已成为科学家研究的热点。以往科学家运用传统的染色体核型分析方法（如染色体区带染色分析，FISH等）已获得许多染色体结构变异的可贵进展。但传统的方法实验操作繁琐，分辨率低，不能覆盖全基因组，难以提供染色体变异位点的精确定位。基于基因芯片的比较基因组杂交技术, aCGH（array-based Comparative Genomic Hybridization）平台的出现解决了上述问题。这种平台能够支持研究人员通过微阵列准确研究与疾病有关的染色体的变化，目前aCGH已经广泛应用于研究肿瘤发生过程中伴随的基因变化，如染色体的畸变等； 通过研究基因拷贝数目的变化，寻找新的原癌基因或抑癌基因； 揭示生物体抗药性的机制及代谢过程中可能发生的基因组变化； 发现新的生物标记，可用于临床诊断、疾病的分型等研究领域中，大大加速了人类对基因组DNA结构变异在遗传疾病中意义的理解。

应用领域

拷贝数变异（CNV）的检测：

（1）检测正常人中的CNV；

（2） 检测和一些复杂疾病有关的常见或稀有的CNV。

遗传学/细胞遗传学研究：

（1）遗传疾病的产前诊断及产后筛查；

（2）检测研究病人的染色体变异情况；

（3）鉴定由CNV引发的遗传性疾病。

癌症研究：

（1）对肿瘤病人中的染色体异常进行全基因组范围研究或检测；

（2）寻找癌症易感性区域；

（3）寻找可用于肿瘤分类或分级的标志性CNV、寻找新的治疗靶向区域。

模式生物研究：

（1）鉴定正常的基因组变异（如进化和品系发育研究）；

（2） 在人类疾病的动物模型中鉴定疾病特异性的区域。

检测流程

（1）Roche NimbleGen 比较基因组杂交（CGH）芯片服务

使用常规的突变检测技术，无法检测到染色体上大量的微小缺失和扩增，而Roche NimbleGen 平台则是检测小片段缺失与扩增的有力工具。NimbleGen提供多种规格的CGH芯片，兼顾分辨率与样本量，降低使用成本。除人类CGH芯片外，NimbleGen还提供其它多种物种的CGH芯片，如小鼠以及各种模式生物等。

技术特点

高密度：基于特有的无膜芯片原位合成的技术，最多可以在一张芯片上合成4.2M条探针。Tiling芯片设计方法可以确保得到整个基因组范围拷贝数变化的完整图谱。使用NimbleGen的超高解析度的精细Tiling芯片，可以得到很小范围的基因扩增、缺失和小至500bp的断点图谱。

等温长探针设计：将探针进行优化选择（45-85mer），调整到均一的解链温度（76℃），如此设计一方面提高了检测的分辨率，另一方面还大大提高了检测的专一性。可保证实验的稳定性，消除杂交假象和偏差，提供更高质量的数据。

芯片规格多：NimbleGen CGH芯片提供多种芯片格式，一张芯片可以同时分析1、3、4、6或12个样本，给客户的实验设计带来非常大的便利，也大大节省了实验成本。

灵活性高：可供选择的芯片种类和格式很多，如果现成的产品不满足用户的需要，还可以根据用户的需求进行芯片定制。这种灵活的定制芯片可以针对任何物种在整个基因组水平或在某些染色体特定的区域水平进行CGH芯片设计。

检测原理

aCGH的基本原理是用不同的荧光染料（常用Cyanine 3-dUTP和Cyanine 5-dUTP）分别标记对照样本基因组DNA与实验样本基因组DNA，然后与制备好的aCGH微阵列芯片进行杂交，通过扫描芯片检测染色体上两种荧光（红、绿）的相对强度比率，两组DNA差异部分会显出颜色偏移，由此可以计算出DNA的缺失与扩增，从而了解实验样本基因组DNA拷贝数的改变情况，并能同时在染色体上进行精确定位。

aCGH技术能在一次实验中实现全基因组扫描，检测出所有染色体的不平衡变化，并且具有较高的分辨率。

    样本要求

1)  样品纯度：OD 260/280值在1.8～2.0 之间；260/230在1.9-2.2之间；无RNA污染，电泳显示DNA完整，未进行过扩增反应。

2)  样品浓度：最低浓度不低于250ng/μl。
3)  样品总量：每个样品总量不少于1μg。
4)  样品溶剂：应溶解在无核酶的水中。
5)  样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

（2）Agilent 比较基因组杂交（CGH）芯片服务

CGH芯片（aCGH）是2005年安捷伦推出一种突破性的生物芯片平台，这种平台能够支持研究人员精确扫描所研究物种的全基因组染色体的微小变化。安捷伦提供多种规格的CGH芯片，除了人类CGH芯片，还提供其他多种物种的CGH芯片，如小鼠、大鼠及各种模式生物等。

技术特点

开放式的系统设计：安捷伦执行的是全球统一的芯片标准，既可以为客户提供全套解决方案，又可与其它技术平台或客户的自有技术衔接，为客户提供最大的自由空间。

独特的制作技术： 无需“光掩膜”的喷墨化学原位合成专利技术提供了芯片制作极大的稳定性和灵活性，安捷伦提供高质量的各种密度和规格的芯片（1×244K, 1×1M， 4×44K, 2×105K, 8×15K, 2×400K ,4×180K, 8×60K等），满足客户的各种需求。

灵敏的检测能力： 60mer的探针设计赋予安捷伦芯片极佳的检测性能，这对低丰度基因的检测显得尤为重要。在美国FDA组织的全球基因芯片质量评估计划（MAQC）中，在所有参与评估的当今基因芯片主流产品中，安捷伦基因芯片能检测出最多的基因数。

方便的定制服务：安捷伦推出唯一的免费芯片探针设计工具----eArray。科研客户只需简单登录即可访问安捷伦公司的各种物种、不同应用类型的基因芯片探针数据库，在其中选择符合自己要求的探针设计芯片。客户也可以上载自己专有的基因序列信息来设计芯片，安捷伦可根据提交的设计方案量身定制独有的芯片产品。

检测原理

aCGH的基本原理是用不同的荧光染料（常用Cyanine 3-dUTP和Cyanine 5-dUTP）分别标记对照样本基因组DNA与实验样本基因组DNA，然后与制备好的aCGH微阵列芯片进行杂交，通过扫描芯片检测染色体上两种荧光（红、绿）的相对强度比率，可以计算出DNA的缺失与扩增，从而了解实验样本基因组DNA拷贝数的改变情况，并能同时在染色体上进行精确定位。aCGH技术能在一次实验中实现全基因组扫描，检测出所有染色体的不平衡变化，并且具有较高的分辨率。

    样本要求

1)  样品纯度：OD 260/280值在1.8～2.0 之间；260/230在1.5-2.2之间；无RNA污染，电泳显示DNA完整，未进行过扩增反应。

2)  样品浓度：最低浓度不低于75ng/μl。
    3)  样品总量：每个样品总量不少于1μg。
    4)  样品溶剂：应溶解在无核酶的水中。
    5)  样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。